Pierwotnie planowano, że twórcy wybiorą się na wycieczkę do Egiptu, żeby zebrać dane pomocne do realistycznego przedstawienia go w grze, jednak ze względu na napięte terminy pomysł ten zarzucono, a materiały zgromadzono na podstawie wystawy egipskiej w Muzeum Brytyjskim i książek z ilustracjami.
Zamiarem scenarzystów było przedstawienie prostej i jednoznacznej historii, chociaż w trakcie produkcji wprowadzono pewne zmiany w fabule. We wczesnej wersji scenariusza Sandhama Lara miała zostać w finale zdekapitowana, co jednoznacznie ucięłoby spekulacje odnośnie do tego, czy przeżyła, jednak kierownictwo Core Design sprzeciwiło się temu rozwiązaniu i nakazało zmienienie go. Sandham przyznał, że planowanie zabicia Lary było dla twórców doświadczeniem oczyszczającym, chociaż zespół przypuszczał, że wydawca pomimo tego wymusi stworzenie kolejnej gry. Twórcy porównali relację Lary i Jeana-Yves’a do tej pomiędzy Foksem Mulderem a Daną Scully w Z Archiwum X. Sama postać Jeana-Yves’a wzbudziła kontrowersje, ponieważ niezamierzenie nawiązała do francuskiego archeologa . Eidos, otrzymawszy skargę od Empereura, przeprosił go za ukazanie w grze postaci, która może kojarzyć się z nim, i postanowił, że nie pojawi się ona w kontynuacjach.