Profilaktyka zakażeń HPV thumb|230px|HPV w obrazie mikroskopu elektronowego Jeśli chodzi o tzw. kurzajki, to najlepszą profilaktyką jest unikanie bezpośredniego kontaktu, takiego jak uścisk rąk, z osobami z widocznymi brodawkami czy też dotykania przedmiotów sprzyjających przetrwaniu wirusa przez pewien czas (np. skórzane uchwyty do przytrzymywania się w środkach publicznego transportu). Jeżeli chodzi o brodawki stóp, to zapobieganie zakażeniu polega na noszeniu obuwia ochronnego w miejscach podwyższonego ryzyka, jak szatnie, pływalnie, natryski i łaźnie.
Zapobieganie zakażeniom HPV drogą płciową obejmuje przede wszystkim unikanie współżycia płciowego z partnerami zakażonymi HPV, ponieważ stosowanie prezerwatyw tylko nieznacznie zmniejsza prawdopodobieństwo zakażenia tym wirusem. Obecnie najskuteczniejszą metodą diagnozowania zakażeń HPV drogą płciową jest wykonywanie regularnie badania cytologicznego, które pozwala na odpowiednio wczesne wykrycie zmienionych komórek. W przypadku obecności zmienionych komórek w preparacie mikroskopowym wskazane może być wykonanie badania PCR, które z dużą czułością wykrywa DNA wirusa, a także pozwala na określenie typów HPV w materiale (typowanie HPV).