W roku 2006 na rynek Stanów Zjednoczonych i Meksyku wprowadzono szczepionkę przeciwko wirusowi brodawczaka ludzkiego firmy Merck & Co. o nazwie Gardasil, dostępną w Polsce od listopada 2006 roku jako Silgard. Szczepionka ta skierowana jest przeciwko najpopularniejszym typom HPV wywołującym kłykciny kończyste (HPV 6 i 11) oraz raka szyjki macicy (HPV 16 i 18).
W 2015 r. Europejska Agencja Leków (EMA) wydała rekomendację dla wprowadzenia 9-walentnej szczepionki przeciwko HPV (Gardasil 9) na rynek europejski. Nowa szczepionka chroni przed chorobami wywołanymi przez 9 typów wirusa: 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 i 58.
Trwałą (9-letnią) odporność zapewnia przyjęcie 3 dawek szczepionki (dawki przypominające po upływie 2 i 6 miesięcy od pierwszego szczepienia)Szczepionka przeciwko wirusowi brodawczaka ludzkiego – milowy krok w profilaktyce raka szyjki macicy?. Badania kliniczne dowodzą, że szczepionka ma największą skuteczność, jeśli podaje się ją dziewczynkom, które jeszcze nie miały kontaktu z HPV.
Szczepienia przeciwko HPV są stosowane od 2006 r.