W maju 2002 roku dokonano instytucjonalizacji sfery naukowo-badawczej w uczelni powołując do życia Instytut Gospodarki Regionalnej i Lokalnej (IGRiL), aktualnie Centrum Badań Regionalnych i Lokalnych. Wykonuje on badania m.in. na rzecz administracji państwowej. W statucie uczelni od 2002 r. obowiązuje zapis zobowiązujący wszystkie jednostki naukowo-dydaktyczne do prowadzenia badań naukowych. Najważniejsze obszary badań obejmują: rozwój metodologii badań nad turystyką, zastosowania technologii informatycznej w gospodarce turystycznej oraz badania nad gospodarką i społeczeństwem w skali lokalnej i regionalnej. Niektóre z przedsięwzięć naukowo-badawczych podejmowanych przez uczelnię wnoszą istotny wkład w integrację, promocję i stymulację środowiska naukowego Bydgoszczy.
W 2006 roku uczelnia przyjęła studentów likwidowanej Wyższej Szkoły Zarządzania i Finansów w Bydgoszczy. W ramach współpracy z bydgoskim oddziałem Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego, WSG prowadzi dodatkowo studia podyplomowe o kierunkach ekonomicznych (Business English, controlling i rachunkowość zarządcza, rachunkowość budżetowa).
W 2011 roku ofertę edukacyjną tworzyło 17 kierunków studiów i ok. 100 specjalności. W tym czasie na WSG studiowało 8 tysięcy studentów (w tym kilkudziesięciu z zagranicy), a kadra naukowa liczyła ok.