1 października 2001 utworzono spółkę PKP Cargo, która przejęła od PKP pojazdy trakcyjne z wyłączeniem zespołów trakcyjnych i autobusów szynowych. Na koniec tego roku na stanie przewoźnika znajdowało się 97 lokomotyw serii SP32, a rok później – 78.
Pod koniec 2003 w eksploatacji pozostawało 81 egzemplarzy, które stacjonowały w Czerwieńsku (5), Chełmie (1), Zamościu (20), Jaśle (26), Krzyżu (7), Kamieńcu Ząbkowickim (11) i Wałbrzychu (11). Obsługiwały one połączenia Zielona Góra – Żagań, Dorohusk – Jahodyn, Rejowiec – Zawada – Hrebenne – Rawa Ruska/Rzeszów Główny, Zawada – Zamość – Hrubieszów Miasto, Jasło – Rzeszów/Zagórz, Zagórz – Łupków/Chyrów, Przeworsk – Horyniec-Zdrój, Kłodzko Główne – Kudowa-Zdrój/Stronie Śląskie/Kędzierzyn-Koźle (sezonowo), Wałbrzych Główny – Kłodzko Główne/Lubawka oraz Wałbrzych Miasto – Meziměstí.