W 1994 r. bank zawarł umowy o partnerstwie strategicznym z Commerzbank AG, który stopniowo zaczął zwiększać swoje zaangażowanie w akcjonariacie banku. W 1995 posiadał 21% akcji banku, dwa lata później 48,7%, a w 2000 objął 50% akcji. W latach 1994–2004 był wspólnie z Citibank (Poland) (do 2001) oraz BHW współudziałowcem spółki celowej mającej na celu odbudowę Pałacu Jabłonowskich w Warszawie, w którym po zakończeniu inwestycji ulokował siedzibę swojej centraliKRS Budowa Centrum Plac Teatralny Numer KRS: 0000134616.. Współfinansował także odbudowę sąsiedniego Kościoła św. Brata Alberta i św. Andrzeja Apostoła w Warszawie.
W 1997 r. bank utworzył Towarzystwo Funduszy Inwestycyjnych Skarbiec. mały|Siedziba mBanku w Bydgoszczy, wielokrotnie nagradzana w polskich konkursach architektonicznych (2013) W 1998 nastąpiła fuzja z Polskim Bankiem Rozwoju, a nowym prezesem zarządu banku zostaje Wojciech Kostrzewa. Krzysztof Szwarc przeszedł do rady nadzorczej banku.
BRE Bank mały|Placówka BRE Banku w Łodzi (2007) W 1999 r. bank zmienił nazwę na BRE Bank S.A.