Rezerwaty W puszczy znajduje się 6 rezerwatów przyrody zajmujących łącznie 94,43 ha: rezerwat przyrody Gibiel – największy: zajmuje powierzchnię 29,79 ha, stanowi obszar najbardziej przypominający pierwotną puszczę i cechuje się zróżnicowaną szatą roślinną. rezerwat przyrody Lipówka o powierzchni 25,73 ha; najcenniejszym elementem są prawie dwustuletnie drzewostany w postaci grądów i łęgów. Wiele rosnących tam lip, dębów i grabów uznane jest za pomniki przyrody. rezerwat przyrody Długosz Królewski, powołany dla ochrony paproci długosza królewskiego (Osmunda regalis), o powierzchni 24,14 ha, w pobliżu Stanisławic, rezerwat przyrody Dębina – starodrzew dębowy o powierzchni 12,66 ha, rezerwat przyrody Koło – zajmuje niewielką powierzchnię (3,49 ha); starodrzew grabowy z udziałem lipy rezerwat przyrody Wiślisko Kobyle – roślinność wodna, o łącznej powierzchni 6,67 ha.
W puszczy działa Ośrodek Hodowli Żubrów Nadleśnictwa Niepołomice.
Szlaki turystyczne Liczne ścieżki leśne wykorzystywane są przez turystów pieszych i rowerzystów. W roku 2000 utworzono ścieżkę edukacyjną. Jest to ok. 4 km trasa spacerowa, przy której ustawiono tablice informujące o gatunkach występujących w puszczy roślin i zwierząt.