Większość komentatorów podkreślała jednak, że drugie miejsce w grupie eliminacyjnej zawdzięczali przede wszystkim słabym rywalom (Litwa, Wyspy Owcze i Islandia). Po zdobyciu tylko dwóch punktów w trzech meczach kwalifikacji do Mundialu 2006 w październiku 2004 roku Niemiec został zmieniony przez Waltera Smitha.
W lutym 2006 roku rzecznik prasowy DFB Harald Stenger poinformował, że Vogts na czas Mundialu 2006 będzie „współpracownikiem” selekcjonera Jürgena Klinsmanna. Nie sprecyzował jednak jaką rolę będzie pełnił przy drużynie narodowej. Po mistrzostwach Klinsmann złożył dymisję, a Vogts wyraził gotowość poprowadzenia reprezentacji Polski. Jednak PZPN postawił na Holendra Leo Beenhakkera.
W styczniu 2007 roku po prawie trzech latach przerwy Vogts powrócił do pracy szkoleniowej. Został selekcjonerem reprezentacji Nigerii. Jednak rok później jego podopieczni odpadli już w ćwierćfinale Pucharu Narodów Afryki; po licznych zarzutach o brak zrozumienia afrykańskiego stylu gry w lutym 2008 trener złożył dymisję.