W okresie międzywojennym istniał projekt całkowitej likwidacji cmentarza lub też przeniesienia go do innej dzielnicy Warszawy. Było to związane z projektem Towarzystwa Przyjaciół Woli, zakładającym stworzenie na jego terenie Parku Wolności im. gen. Sowińskiego. Towarzystwo to przeciwstawiało się inicjatywom tworzenia w dzielnicy kolejnych cmentarzy, powoływano się także na plany regulacyjne Warszawy z lat 30. XX w., które zakładały założenie we wszystkich obszarach miasta publicznych terenów zielonychP. Paszkiewicz, M. Sandowicz, Cmentarz prawosławny..., ss. 15–16. Na łamach warszawskiej prasy w latach 30. pojawiały się zarówno głosy wzywające do całkowitej likwidacji nekropolii, jako symbolu rusyfikacji, jak również apele o jego pozostawienie w dotychczasowym kształcieP. Paszkiewicz, M. Sandowicz, Cmentarz prawosławny..., s. 16. mały|Grób dzieci z sierocińca przy parafii św. Jana Klimaka, zamordowanych przez hitlerowców w czasie rzezi Woli W czasie bombardowania Warszawy cmentarz prawosławny nie poniósł strat, chociaż znajdował się na nim punkt opatrunkowy. Był natomiast areną masowych egzekucji ludności cywilnej w czasie rzezi Woli. Na cmentarzu miało miejsce rozstrzelanie 60 mieszkańców okolic ulicy Wolskiej oraz mord na ponad setce dzieci zamieszkujących przytułek św. Jana przy prawosławnej parafii św. Jana Klimaka.