W przeciwieństwie do innych szopowatych, takich jak szop rakojad (Procyon cancrivorus), przodkowie szopa pracza opuścili strefy międzyzwrotnikową i podzwrotnikową i zawędrowali na północ około 4 milionów lat temu podczas wielkiej migracji, co potwierdza odkrycie na Wielkich Równinach skamielin pochodzących ze środkowego pliocenu.
Systematyka left|thumb|Wzór maski wokół oczu szopa przecięty jest często ciemnobrązowym pasem ciągnącym się od czoła do czubka nosa
W ciągu pierwszych kilkudziesięciu lat od odkrycia tego gatunku przez ekspedycję Krzysztofa Kolumba taksonomiści byli zdania, że szop spokrewniony jest z wieloma różnymi zwierzętami, w tym psami, kotami, borsukami, a zwłaszcza niedźwiedziami. Karol Linneusz umieścił szopa pracza w rodzaju Ursus – z początku, w drugim wydaniu swojego dzieła Systema Naturae, pod nazwą Ursus cauda elongata („niedźwiedź długoogoniasty”), potem jako Ursus Lotor („niedźwiedź pracz”) w dziesiątym wydaniu. W roku 1780 Gottlieb Conrad Christian Storr umieścił szopa pracza w osobnym rodzaju Procyon. Ta nazwa rodzajowa pochodzi z greki: Προκύων (Prokuōn), czyli πρό (pro, „przed”) oraz κύων (kuōn, „pies”) i sugeruje, że rodzaj grupuje zwierzęta przed-psowate czy też pra-psowate.