Służba thumb|ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” w 2023 thumb|ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” od rufy thumb|Rufa ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” w 2025 roku Z numerem taktycznym 511, „Czernicki” został wcielony do 2. Dywizjonu Okrętów Transportowo-Minowych 8. Flotylli Obrony Wybrzeża w Świnoujściu. Po podniesieniu bandery, 2 września 2001 roku okręt powrócił jeszcze na dwa miesiące do Gdańska i Gdyni w celu dokończenia wyposażania i prób, po czym przeszedł do Świnoujścia. 5 listopada 2001 roku w porcie w Gdyni „Czernicki” miał kolizję z kutrem rakietowym ORP „Dziwnów”, uszkadzając go dziobem.
10 lipca 2002 roku ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” opuścił Port Wojenny w Świnoujściu i wypłynął w rejon Zatoki Perskiej. Wspólnie z jednostkami kilku innych państw koalicji antyterrorystycznej operował w składzie V Floty Stanów Zjednoczonych. Wykonywał zadania wsparcia, zabezpieczenia i ochrony jednostek uderzeniowych V Floty US Navy oraz okrętów innych bander uczestniczących w operacji Enduring Freedom. Pierwszą, ponad 40-osobową załogą dowodził kpt. mar. Grzegorz Okuljar.