Po wymianie załogi w styczniu 2003 roku dowództwo jednostki objął kmdr ppor. Jacek Rogalski. Okręt wziął udział w inwazji na Irak (operacji Iraqi Freedom), patrolując rejon ujścia Eufratu oraz transportując jednostki komandosów. Po zakończeniu działań okręt 10 września 2003 roku powrócił do kraju. W misji irackiej okręt służył jako baza lub wsparcie dla polskich komandosów jednostki Formoza oraz amerykańskich sił specjalnych US Navy, a także okręt-baza dla mniejszych jednostek patrolowych żeglugę. Brał udział w 34 misjach bojowych i przebył ponad 35 tysięcy mil morskich, a z okrętu operowały także grupy abordażowe amerykańskie i australijskie. Brał także udział w akcjach ratowania rozbitków z irańskiego kutra rybackiego (21 grudnia 2002, uratowano 9 osób) oraz naprawy uszkodzenia i odholowania tonącego kuwejckiego kutra rybackiego „Jomar” (7 lipca 2003). 3 i 4 maja 2003 okręt udzielał pomocy medycznej dwóm irackim marynarzom, którzy doznali urazów.
W 2009 roku okręt został zmodyfikowany w Stoczni Marynarki Wojennej w Gdyni do pełnienia roli okrętu flagowego zespołów ochrony przeciwminowej, m.in. przez przebudowanie pomieszczeń desantu na sztabowe i rozbudowanie systemów łączności i dowodzenia.