W swoim pierwszym sezonie w Division One Millwall zajęło 10. lokatę. Rok później udało im się wygrać w lidze zaledwie 2 razy i klub spadł szczebel niżej. Doherty został zwolniony, a na jego miejsce przyszedł były szkoleniowiec Middlesbrough, Bruce Rioch. Z drużyną pożegnał się Teddy Sheringham, który po przegranych play-offach w 2. lidze został sprzedany do Nottingham Forest. Jakiś czas później Sheringham został powołany po raz pierwszy do reprezentacji Anglii.
Rioch w 1992 roku sprowadził do klubu irlandzkiego pomocnika Micka McCarthy’ego, który poprowadził drużynę do 3. lokaty w sezonie 1993/94. Był to pierwszy sezon na nowym stadionie The New Den, który został otwarty 4 sierpnia 1993 roku. Podczas tamtego roku pokonali Arsenal w 3. rundzie FA Cup, wygrywając 2-0. Gola zdobył młody pomocnik, Mark Kennedy, ale późniejsza porażka z Derby County w półfinale tych rozgrywek wykluczyła londyński klub z tej rywalizacji.