Odbył się on w dniach 22–23 czerwca 1818. Umieszczenie trumny w marmurowym sarkofagu odbyło się już w całkowitej tajemnicy 21 grudnia 1832. Zdecydowano o zachowaniu tajemnicy ze względu na sytuację na ziemiach polskich po upadku powstania listopadowego. Obok sarkofagu w 1977 zawieszono brązową tablicę pamiątkową, dar Kongresu USA w 200-lecie bitwy pod Saratogą. Gen. Władysław Sikorski, zginął w katastrofie samolotu w Gibraltarze 4 lipca 1943, sarkofag był gotowy już w 1981, do sprowadzenia ciała generała doszło jednak dopiero 17 września 1993. W krypcie św. Leonarda przed ołtarzem projektu francuskiego architekta Viollet-le-Duca ufundowanym w 1876 przez hrabinę Katarzynę Potocką mszę prymicyjną 2 listopada 1946 odprawił ks. Karol Wojtyła. 9 czerwca 1997 jako papież Jan Paweł II odprawił mszę raz jeszcze w 50. rocznicę święceń kapłańskich.

Krypta Stefana Batorego thumb|Sarkofag Stefana Batorego thumb|Sarkofagi w krypcie Zygmuntowskiej Kolejna krypta należy do króla Stefana Batorego. Król zmarł w Grodnie 12 grudnia 1586 r. Wkrótce potem w warsztacie gdańskiego konwisarza Daniela Gieselera I został zamówiony dla niego cynowy sarkofag. Prace trwały blisko półtora roku;