do tego czasu królewskie zwłoki spoczywały w drewnianej trumnie w katedrze grodzieńskiej. Pogrzeb w katedrze wawelskiej w krypcie pod Kaplicą Mariacką odbył się 23 maja 1588.
W 1877 r. sarkofag był już w bardzo złym stanie. Podczas oględzin rozpadł się na części, które po pobieżnym oczyszczeniu złożono na powrót na szkielecie w postaci drewnianej skrzyni. Kolejnej konserwacji sarkofagu dokonano w 1931 r. Polegała ona na wymianie drewnianego szkieletu oraz zabezpieczeniu cyny powłoką politurową przed dalszą korozją. Nie usunięto jednak produktów utleniania się cyny, które pokryły szarym nalotem malowidła na sarkofagu.
Trzecia konserwacja sarkofagu rozpoczęła się w 2015 r. w pracowni Agnieszki i Tomasza Trzosów w Tychach. Z powierzchni cynowych elementów usunięte zostały naloty tlenków. Po uzupełnieniu i odświeżeniu malatury całość pokryto dwoma warstwami zabezpieczającymi. Elementy sarkofagu osadzono na nowym szkielecie wykonanym ze stali nierdzewnej. Po 9 miesiącach prac w styczniu 2016 r. sarkofag wrócił na WawelPierończyk Jolanta: Lifting sarkofagu Batorego w Tychach, w: „Dziennik Zachodni” 29 stycznia 2016..