Krypta rodziny Władysława IV W kolejnej krypcie spoczywa rodzina króla Władysława IV Wazy. Sarkofagi króla i jego żony królowej Cecylii Renaty wykonane ze złoconej miedzi stanowią ciekawy przykład złotnictwa toruńskiego. Obok rodziców spoczywają dzieci: królewicz Zygmunt Kazimierz Waza (zm. 1647) i królewna Anna Maria Izabela (zm. 1642).
Krypta Zygmuntowska W krypcie, którą król Zygmunt Stary przeznaczył dla swojej rodziny spoczywają: król Zygmunt II August, zm. w Knyszynie 7 lipca 1572. Sarkofag królewski wykonano w Gdańsku z cyny. Pierwotnie był on złocony i polichromowany. Alegoryczna dekoracja przedstawia uśpione przez śmierć zmysły i duszę nieśmiertelną. królowa Anna Jagiellonka, zm. w Warszawie 9 września 1596. Pogrzeb w Krakowie miał miejsce 12 listopada 1596. królowa Anna Austriaczka pierwsza żona Zygmunta III Wazy zm. 10 lutego 1598 w Warszawie, pochowana w katedrze wawelskiej 16 października 1599. królewicz Aleksander Karol Waza zm. 19 listopada 1634. Pochowany na Wawelu 7 lipca 1635. Syn Zygmunta III Wazy. W oszklonej urnie jeszcze jedna zawiera prochy króla Stanisława Leszczyńskiego, zm. 23 lutego 1766.