Z powodu problemów z pękającymi w trakcie startu oponami Junkersów technicy zmodyfikowali w trakcie produkcji podwozie główne Ju 88 przez dodanie dodatkowej trzeciej, odrzucanej goleni. W wyniku tej przeróbki powstał prekursor zestawu Mistel 3.
Na początku 1945 roku wprowadzono na wyposażenie niemieckiego lotnictwa wersję Mistel S3a złożoną z Junkersów Ju 88A-4 lub A-6 i myśliwców Focke-Wulf Fw 190A-6. W tym samym czasie w zakładach w Bernburg (Saale) powstał prototyp Mistela 3b, którego pochodną był Führungsmaschine. Führungsmaschine był samolotem naprowadzającym dalekiego zasięgu. Zamiast głowicy bojowej w Ju 88H-4 była kabina pilotów i stanowisko operatora radaru. Rozwijano również seryjnego Mistela 3, który złożony był z myśliwca Focke-Wulf Fw 190A-8 i Junkersa Ju88G-10. Ten wariant w odróżnieniu od Mistela 2 charakteryzował się zwiększonym zasięgiem i większymi rozmiarami samolotu bomby Ju 88. Mógł również przenosić ładunek wybuchowy do 4000 kg.
Do zakończenia II wojny światowej zakładom Junkersa udało się jeszcze zbudować jedną wersję Mistela, w której samolotem nosicielem był myśliwiec wysokościowy Focke-Wulf Ta 152H, a latającą bombą Junkers Ju 88G-7. Prototyp tej maszyny oblatano w kwietniu 1945 roku.