W trakcie piątej rundy we Włoszech znowu uległ kontuzji spadając z motocykla w treningach i już w trakcie wyścigu, rok zakończył, jako 3 najlepszy zawodnik świata, za Rossim i Lorenzo.
2010 Od 2010 Pedrosa powrócił do startów z numerem 26, zrobił tak, ponieważ dostawał wiele próśb od swoich fanów, Hiszpan wygrał cztery wyścigi w sezonie i zdobył tytuł wicemistrza, wyprzedził go tylko Jorge Lorenzo.
2011 Honda, w drodze wyjątku, wystawiła do rywalizacji trzech kierowców, Pedrosę, Stonera i Dovizioso. Po dobrym początku i 3 podiach w 3 pierwszych wyścigach sezonu, a także jednej wygranej w Portugalii, przyszedł pechowy weekend we Francji, tam Pedrosa po kolizji z Simoncellim doznał kolejnej już kontuzji w karierze, co wykluczyło go ze ścigania na dłuższy czas, powrócił w Grand Prix Włoch na torze Mugello, gdzie zajął 8. lokatę.
Powracając do pełni dyspozycji udało mu się wygrać w Niemczech, wykorzystując błąd Lorenzo, zwyciężył także w Japonii. Ostatecznie Dani rok podsumował 4.