miejscem, częste wypadki i kontuzja sprawiły, że znalazł się tuż za podium przegrywając w ostatniej chwili z mniej utytułowanym Dovizioso.
2012 Pozbywając się z zespołu Dovizioso, Honda mogła spokojnie skoncentrować się na pracy ze Stonerem i Pedrosą, Dani pierwsze sześć wyścigów kończył wizytami na podium, wygrywając dopiero podczas Grand Prix Niemiec, tam po wspaniałej walce do ostatnich metrów pokonał Stonera, który tuż przy mecie zaliczył upadek. Drugi triumf przyszedł w Indianapolis, startował z pole position i pobił tam rekord okrążenia w wyścigu, tym zwycięstwem poprzedził kolejne w Brnie, gdzie po pasjonującej batalii ze swoim rodakiem, Lorenzo minął linię mety, jako pierwszy.
Pech nie omijał Daniego i w trakcie Grand Prix San Marino „zdjął” go z toru Héctor Barberá, przed tym jednakże Pedrosa został cofnięty z pierwszej pozycji startowej na sam koniec stawki, powodem był koc grzewczy, którego mechanicy Repsol Hondy nie mogli zdjąć z przedniej opony, potem motocykl przeniesiono do boksów, aby zastąpić go drugim.