Ma ona też zastosowanie jako jedna z technik pomiaru masy cząsteczkowej i badania polidyspersji polimerów syntetycznych.
Jeśli badaczowi zależy na ograniczeniu wpływu kształtu cząsteczek na szybkość ich migracji elektroforetycznej i ściślejszym powiązaniu ich ruchliwości z masą cząsteczkową, może badane substancje poddać denaturacji, na przykład detergentem dodecylosiarczanem soduElektroforeza w żelu poliakrylamidowym prowadzona w obecności dodecylosiarczanu sodu oznaczana jest skrótowcem SDS-PAGE (od ang. ). (w przypadku denaturacji białek), albo mocznikiem (w przypadku denaturacji DNA lub białek).
Z poziomu molekularnego elektroforeza polega na ukierunkowanym przesuwaniu analizowanych cząsteczek przez prąd i ich interakcji z fazą stałą żelu, która w tej cząsteczkowej skali wygląda jak sieć przestrzenna. Bardziej ruchliwe są mniejsze cząsteczki, bo łatwiej się przeciskają przez tę sieć, natomiast większe się opóźniają.