Prąd impulsowy uruchamia te, które „utknęły” po drodze, i daje lepszej jakości rozdział.
Przykładowe barwniki do monitorowania przebiegu elektroforezy: błękit bromofenolowy (BP) cyjanol ksylenowy (XC) oranż G
Przykładowe substancje wybarwiające DNA: bromek etydyny GelRed srebro stains-all
mały|Elektroforegram CE syntetycznego oligonukleotydu
Elektroforeza kapilarna Elektroforeza kapilarna (CE, od ang. ), zwana też elektroforezą w wolnym buforze, służy najczęściej do rozdziału niewielkich cząsteczek (podobnie jak wysokosprawna chromatografia cieczowa). Technika ta umożliwia rozdzielanie anionów i kationów soli organicznych i nieorganicznych; jest także często stosowana w biologii molekularnej do analizy DNA, znacznie rzadziej do rozdziału peptydów.
Rozdział mieszanin prowadzi się w cienkiej (średnica wewnętrzna 25–100 µm) i długiej (0,5–1 m) kapilarze kwarcowej, przypominającej wyglądem światłowód. Kapilara ta wypełniana jest buforem rozdzielającym (inaczej separacyjnym). Próbkę wprowadza się do wlotu kapilary, po czym przykłada do niej wysokie napięcie elektryczne (do 30 kilowoltów). U wylotu kapilary zamontowany jest detektor rejestrujący wychodzenie z rurki kolejnych związków chemicznych.