Gdy go odnajduje, doktor posiada sześć z siedmiu artefaktów. Sonic jest zmuszony walczyć z Chaosem, który niemalże osiągnął już swoją pełną moc. Jeżowi udaje się na szczęście odzyskać kryształy po walce zakończonej powodzeniem. Zostawia je jednak Knucklesowi na jego własne życzenie, a sam goni Eggmana po dżungli w Mistycznych Ruinach. Tajemnicze światło prowadzi go do ruin (Lost World), z których przenosi się w czasie do momentu kiedy Tikal i sanktuarium Głównego Szmaragdu jest atakowane przez plemię kolczatek. Zanim jednak może dowiedzieć się czegoś więcej, wraca do teraźniejszości. Podąża za Robotnikiem do jego bazy Final Egg i toczy z doktorem decydującą bitwę swojego wątku. Po pokonaniu go wraca do Mistycznych Ruinach i przebywa ze swoim najlepszym przyjacielem Tailsem. Sytuacja się uspokaja, gdyż 6 szmaragdów umieszczonych jest na Anielskiej Wyspie wraz z odbudowanym przez Knucklesa Głównym Szmaragdem, a siódmy jest w Tornadzie 2.