W 110 p.n.e. doszło do zaostrzenia konfliktu między nim a matką, w wyniku czego pozbawiono go władzy i zmuszony był opuścić Aleksandrię; jego miejsce na tronie zajął brat Ptolemeusz X. Na krótko powrócił do Egiptu w 109 p.n.e., został jednak wkrótce ponownie wygnany. W następnym roku powrócił po raz kolejny, po czym został wygnany przez matkę po raz trzeci; wówczas przejął kontrolę nad Cyprem i stamtąd usiłował odzyskać władzę. Wszedł w sojusz z Antiochem IX.

W 103 p.n.e. angażując się w walki dynastyczne Seleucydów, Ptolemeusz IX wylądował w Palestynie i pokonał żydowskiego króla i kapłana Aleksandra Janneusza. Następnie próbował wtargnąć do Egiptu przez Półwysep Synaj, lecz został powstrzymany przez wojska Ptolemeusza X Aleksandra pod Peluzjum. W tej sytuacji był zmuszony wrócić na Cypr, gdzie wyczekiwał nowej okazji do odzyskania tronu.

Po śmierci matki w 101 p.n.e. w Egipcie jako udzielny władca rządził Ptolemeusz X Aleksander. W 88 p.n.e. niezadowoleni z rządów Ptolemeusza X aleksandryjczycy pozbawili go godności królewskiej i wypędzili z Egiptu;