Tam, w nocy z 5 na 6 listopada 1500, obserwował zaćmienie Księżyca.
Studia w Padwie thumb|Przekład dzieła Teofilakta Symokatty, na okładce: herby Polski, Litwy, Krakowa
W 1501 Kopernik na krótko powrócił na Warmię, po czym 28 sierpnia 1501 uzyskał zgodę kapituły warmińskiej na rozpoczęcie kolejnych studiów medycznych na Uniwersytecie w Padwie, kontynuując studia prawnicze. Wraz z bratem Andrzejem wkrótce udał się do Italii.
Wśród historyków istnieje spór, gdzie i kiedy Kopernik zaczął studia medyczne i czy skończył studia prawnicze jeszcze w Bolonii czy już w Padwie. Dominuje pogląd, że Kopernik uzyskał w Bolonii magisterium sztuki, ale studiował tam także przez rok medycynę. Po przyjeździe do Padwy wznowił studia medyczne, gdzie wykładowcami byli m.in.: , , Giovanni d’Aquila z Lanciano i . Wbrew treści epitafium na grobie Kopernika we Fromborku astronom nigdy nie uzyskał stopnia doktora medycyny. Najprawdopodobniej uzyskał on stopień licencjata, który pozwalał mu na prowadzenie praktyki lekarskiej, co przemawia za twierdzeniem, że studiował medycynę przez rok w Bolonii i kontynuował studia w Padwie przez dwa lata.