Studia w Bolonii Dzięki staraniom wuja Łukasza w 1496 rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie w Bolonii, wpisując się w styczniu 1497 do albumu nacji niemieckiej bolońskiego Uniwersytetu Jurystów. Uniwersyteckie nacje były luźnymi korporacjami, grupującymi studentów według bardzo ogólnych kryteriów geograficznych, a nie narodowych. Do nacji niemieckiej zaliczano wówczas m.in. Polaków, Czechów i Węgrów.
Przyjaciółmi Mikołaja z tamtego okresu byli m.in.: przyszły poeta Ermico Caiado i kanonik Erhard Truchsess. Wykładowcami przyszłego astronoma z zakresu prawa byli m.in. filozof Alessandro Achillini, latynista czy kanonista Antonio Burgos, choć tematy prawnicze niezbyt interesowały Kopernika. Słuchał wykładów Pomponacjusza.
Nauczycielami, którzy wywarli na niego największy wpływ, byli: astronom Dominik Maria Novara, geograf Marek z Benewentu i malarz Francesco Francia. Według Birkenmajera lektura dzieła Novary De motu octavae spherae wywarła wpływ na myśl kopernikańską.
20 października 1497 Kopernik pełnoprawnie objął kanonię warmińską, co zapewniło mu utrzymanie do końca życia (władzę sprawował poprzez Andrzeja Cletza i Krzysztofa Tapiaua). W 1500 odbył wraz z bratem Andrzejem Kopernikiem podróż do Rzymu, gdzie wygłosił kilka prywatnych wykładów.