Wielu młodych ludzi przyjętych do szkoły zrezygnowało jednak z nauki z powodu m.in. trudnych warunków materialnych, zaangażowania w działalność konspiracyjną i niemieckich represji.
Od zimy 1940 roku prowadzono tajne nauczanie na Wydziale Architektury (jedynym spośród przedwojennych wydziałów PW, który w 1942 roku nie został włączony do PWST), które objęło łącznie ok. 200 słuchaczy.
W maju 1940 roku władze niemieckie wydały zgodę na uruchomienie na terenie uczelni 10 zakładów badawczych, co umożliwiło prowadzenie zakazanej pracy naukowej a także działania na rzecz Polskiego Państwa Podziemnego (m.in. rozpracowanie przez grupę pracowników PW konstrukcji rakiet V-1 i V-2). W czasie okupacji majątek uczelni, w tym wyposażenie laboratoriów, był rabowany przez niemieckie władze cywilne i wojskowe, m.in. na rzecz szkół wyższych w Niemczech.