Wieki XVII i XVIII pogłębiały tylko kryzys uczelni. Uniwersytet uwikłał się w konflikt z jezuitami, popieranymi przez króla. W 1612 roku Uniwersytet Krakowski powstrzymał przekształcenie kolegium jezuickiego w Poznaniu w uniwersytet. Pozytywnym elementem było utworzenie sieci szkół związanych z uczelnią tzw. kolonii akademickich, z których pierwsze było Kolegium Nowodworskiego. W tym trudnym okresie działali dwaj znani uczeni Jan Brożek i Stanisław Pudłowski.
Wielka reforma Szkoły Głównej Koronnej