Z dorobku naukowego z czasów Kazimierza Wielkiego zachowały się trzy kodeksy, m.in. z 1367 r. (kolofon: in castro Cracoviensi seu in universitate studii) oraz z 1369 r. (kolofon: per manus cuisdam studentis).
W 1390 roku został reaktywowany, a w 1391 wznowił swoje nauczanie dzięki osobistym zabiegom królowej Jadwigi Andegaweńskiej na dworze papieskim. W swoim testamencie królowa zapisała krakowskiej uczelni swój majątek osobisty. Klejnoty władczyni umożliwiły odnowienie uniwersytetu w 1400 roku w pełnym kształcie, z czterema wydziałami typowymi dla średniowiecznych uniwersytetów. Spośród nich najważniejszy był Wydział Teologiczny, który dla każdego profesora był ukoronowaniem kariery naukowej. Wydział ten utworzony został jeszcze za życia Jadwigi, w 1397 roku dzięki uzyskanej przez królową bulli papieskiej Bonifacego IX. Uniwersytet Jagielloński był pierwszym uniwersytetem w Europie posiadającym samodzielne katedry matematyki i astronomii. Zostały one utworzone w 1406 roku.
Był instytucją kościelną i duchowną, z ramienia Stolicy Apostolskiej nadzór nad nim sprawował biskup krakowski jako kanclerz urodzony. Był także korporacją prawną, posiadał samorząd swojego majątku i własne sądownictwo spoczywające w ręku rektora.
Rozkwit Akademii Krakowskiej