W XV i na początku XVI wieku Uniwersytet Krakowski przeżywał okres rozkwitu. Studiowali na nim także studenci zagraniczni. Wówczas to rektorami uczelni byli Stanisław ze Skarbimierza i Paweł Włodkowic. Znana była krakowska szkoła matematyczna i astrologiczna. W Krakowie studiował Mikołaj Kopernik, a także wielu późniejszych profesorów zachodnioeuropejskich. Kraków był też ważnym ośrodkiem naukowym nauk alchemicznych, których uczyli profesorowie medycyny.
Zmierzch świetności
Upadek Uniwersytetu Krakowskiego zaczął się już w dobie humanizmu, około 1460 roku. Pierwsze reformy dyscyplinarne potrzebne były już w latach 1480, 1485 i 1491. Biskup krakowski Jan Konarski i synody prowincjonalne w latach 1505, 1510 i 1523 oraz papież Leon X domagali się reformy akademii poprzez rozszerzenie nauczania nauk przyrodniczych i humanistycznych oraz wprowadzenie greki i języka hebrajskiego.