47..
Król Stefan Batory założył Akademię prowadzoną przez jezuitów, co stało się zalążkiem Uniwersytetu Wileńskiego. Miasto stało się dla Żydów „Jerozolimą Północy” (hebr. ). Działała tu jedna z najwybitniejszych szkół talmudycznych na świecie. mały|Wilno w XVIII w. (Józef Peszka) Rozwój miasta poważnie zahamował wielki pożar w 1610Wilno. Przewodnik krajoznawczy Juljusza Kłosa Prof. Uniwersytetu St. Batorego. Wydanie trzecie poprawione, Wydawnictwo Wileńskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego, Wilno 1937, s. 21, 140. W 1639 miały miejsce zamieszki na tle religijnym; Kalwini zostali zmuszeni do opuszczenia miasta. W dniu 7 sierpnia 1655 w trakcie wojny polsko-rosyjskiej po zajęciu miasta, w którym schroniła się okoliczna ludność z wielu grodów, Rosjanie wymordowali około 25 tysięcy ludzi. Pożary w stolicy Litwy trwały przez 17 dni. Kolejnym ciosem była III wojna północna.
Miasto posiadało prawo do czynnego uczestnictwa w akcie wyboru królaPolska Encyklopedia Szlachecka, t. I, Warszawa 1935, s. 42.. W 1782 było miastem królewskim, t. XVI, Halle, 1782, s. 15.. mały|lewo|Wilno w XIX w.