Na przeszkodzie pełnej realizacji zamierzenia stanęli jednak Austriacy, którzy w ramach ogólnego fortyfikowania Krakowa zajęli w latach 1850–1856 szczytowe partie Góry św. Bronisławy i wznieśli wokół kopca silne umocnieniaMŻK (Marek Żukow-Karczewski), Całe miasto mówiło... O osadzie rolnej, „Echo Krakowa”, 12 X 1993 r., nr 199 (14018).. Problemem stało się utrzymanie kopca, uszkadzanego przez czynniki klimatyczne (wiatr, opady) i zwierzęta polne. W 1846 r. planowano gruntowną renowację, a nawet jego przebudowę w celu poprawy stabilności zboczy. Uniemożliwiła to ostatecznie likwidacja Wolnego Miasta Krakowa i wcielenie go do zaboru austriackiego.
Prowadzona polityka germanizacji, zwłaszcza po wydarzeniach Wiosny Ludów, polegała m.in. na likwidacji lub umniejszaniu znaczenia pamiątek polskości. Także działania zmierzające do przekształcenia Krakowa w twierdzę nie ominęły kopca Kościuszki. W 1850 r. jego teren z najbliższym otoczeniem został przejęty przez władze wojskowe, które postanowiły otoczyć Kraków pierścieniem fortyfikacji. Wokół kopca zbudowano fort cytadelowy 2 „Kościuszko”. Jego budowę zakończono w 1854 r. Wyrażono jednak zgodę na swobodny dostęp do kopca od wschodu do zachodu słońca, z wyjątkiem okresu mobilizacjiMateusz Drożdż, Spacerem przez Twierdzę Kraków. Krótki przewodnik po wybranych obiektach, Kraków 2022.