W 1860 r. na szczycie umieszczono granitowy głaz z napisem: „Kościuszce”.
Podczas I wojny światowej Austriacy usunęli kamień pamiątkowy i urządzili na szczycie kopca punkt obserwacyjny. Po odzyskaniu niepodległości budowla stała się znów dużą atrakcją i osobliwością Krakowa, celem wycieczek. W 1937 r. wzniesiono w pobliskim Lesie Wolskim czwarty kopiec Józefa Piłsudskiego. Hitlerowscy okupanci planowali zniwelowanie kopca Kościuszki jako symbolu polskości. Podczas zajmowania Krakowa kopiec był punktem obserwacyjnym i siedzibą dowództwa wojsk radzieckich.
Po II wojnie światowej przystąpiono do niszczenia poaustriackiego fortu, motywując to potrzebą pozyskania materiałów budowlanych, jak i zatarcia śladów obecności zaborcy. Prace rozbiórkowe trwały do 1957 r. (zdołano wyburzyć zachodnią część fortu), jednak wskutek protestów miłośników zabytków i specjalistów, jak również nieopłacalności całego przedsięwzięcia, zrezygnowano z tych działań. Pojawiły się różne koncepcje zagospodarowania terenu. W 1977 r. w odrestaurowanej części fortu uruchomiono hotel, na początku lat 90. XX wieku fort stał się również siedzibą radia RMF FM, a także sieci związanych z tym radiem, czyli RMF Classic, RMF Maxxx.