Następnie wcieliła się w rolę młodej naukowiec Faith Clavell w telefilmie Category 7: The End of the World (2005).
W 2006 przyjęła propozycję poprowadzenia reality show dla amerykańskiej telewizji kablowej Oxygen Zerwij z Shannen Doherty, w którym miała pomagać uczestnikom wyrwać się z toksycznych związków. Od 22 do 30 marca 2010 brała udział w dziesiątej edycji Tańca z gwiazdami. Jej partnerem tanecznym był Mark Ballas, zajęli 11. miejsce (ostatnie).
Życie prywatne Spotykała się z Bo Brinkmanem (1990), Evanem Musikantowem (1991), Chrisem Foufasem (od marca 1991 do grudnia 1992), Jasonem Priestleyem (w sierpniu 1991), Markiem Slaughterem (1992), Markiem Wahlbergiem (we wrześniu 1992), muzykiem Mötley Crüe – Vince’em Neilem (1993), właścicielem firmy kosmetycznej Max Factor – Deanem Factorem (1993) i Juddem Nelsonem (w kwietniu 1993). Kilka tygodni po zapoznaniu z aktorem Ashleyem Hamiltonem, 24 września 1993 wzięła ślub. Byli razem gośćmi Saturday Night Live (1993). Małżeństwo jednak nie trwało długo, gdyż Doherty złożyła pozew o rozwód po zaledwie pięciu miesiącach. 7 listopada 1994 oficjalnie rozwiedli się. Związana była z producentem i reżyserem telewizyjnym Robem Weissem (1995–1996) i Julianem McMahonem (2001).