W 1690 wielki sztorm zamulił Jamieński Nurt, co zakończyło funkcjonowanie miasta jako portu morskiego. Prawie całe miasto spłonęło w pożarze w 1718 r. i od tego czasu miasto rozwijało się bardzo powoli. W 1816 r. w Koszalinie umieszczono stolicę rejencji koszalińskiej (obok szczecińskiej i stralsundskiej) wchodzącej w skład prowincji Pomorze państwa pruskiego. Miasto stało się w tym samym roku również siedzibą powiatu Fürstenthum, w 1872 przemianowanego na powiat Köslin.
mały|Kamienice z XIX wieku przy ul. Zwycięstwa 1 kwietnia 1932 miasto wyłączono z powiatu Koszalin i przekształcono w powiat grodzki (Stadtkreis).
mały|upright|lewo|Tablica upamiętniająca Polki z Armii Krajowej więzione w Koszalinie po upadku powstania warszawskiego Podczas II wojny światowej Okręg Pomorze Armii Krajowej zorganizował komórkę AK w Koszalinie o kryptonimie „Korona”, i była w mieście obecna także organizacja Odra. Polski ruch oporu w Koszalinie szpiegował niemieckie działania oraz dystrybuował polską prasę podziemną. W Koszalinie Niemcy utworzyli kilka obozów pracy przymusowej, w tym podobóz obozu jenieckiego Stalag II B. Robotnikami przymusowymi w Koszalinie byli głównie Polacy, stanowiąc nawet do 10% populacji miasta. Było w Koszalinie także nazistowskie więzienie z kilkoma podobozami pracy przymusowej w innych lokalizacjach na Pomorzu.