Przez kolejne dwieście lat nie odnotowano żadnej wzmianki na temat manuskryptu, ale najprawdopodobniej był on przechowywany razem z resztą korespondencji Kirchera w bibliotece Collegio Romano (dzisiejszy Papieski Uniwersytet Gregoriański). Prawdopodobnie księga pozostała tam do czasu, kiedy oddziały Wiktora Emanuela II opanowały miasto w 1870 i dokonały aneksji Państwa Kościelnego. Nowy rząd włoski postanowił skonfiskować mienie kościelne, m.in. bibliotekę Collegio Romano. Jednak badania wskazują, że wcześniej wiele ksiąg zostało zabranych z biblioteki do zbiorów prywatnych bibliotek uniwersyteckich, co uchroniło je przed konfiskatą. Wśród tych zbiorów znajdowała się też korespondencja Kirchera oraz prawdopodobnie manuskrypt Wojnicza, ponieważ jest on do dziś oznaczony jako własność Petera Beckxa, przełożonego Towarzystwa Jezusowego i ówczesnego rektora uniwersytetu.
Prywatna biblioteka Beckxa została przeniesiona do Willi Mondragone. Około 1912 Collegio Romano znalazło się przypuszczalnie w trudnej sytuacji finansowej, bowiem zdecydowano się sprzedać (w tajemnicy) niektóre z jego zbiorów. Wtedy Michał Wojnicz nabył trzydzieści manuskryptów, a wśród nich znajdował się również ten, który dziś nosi jego imię.