W 1915 odbyła się wystawa jego zbiorów w Chicago, która trwała od 7 października do 3 listopada. Wśród licznych, bezcennych manuskryptów i książek zaprezentowano Manuskrypt Wojnicza, który został uznany za jeden z najważniejszych w całej kolekcji.

W 1930, po śmierci Wojnicza, księgę odziedziczyła wdowa po nim, pisarka Ethel Lilian Voynich, córka matematyka George’a Boole’a. Po jej śmierci w 1960 manuskrypt stał się własnością jej bliskiej przyjaciółki Anne Nill, która rok później sprzedała księgę właścicielowi antykwariatu Hansowi P. Krausowi. Ten, nie znalazłszy kupca, przekazał ją 1969 Uniwersytetowi Yale, gdzie znajduje się do dziś, pod numerem katalogowym MS 408, w Bibliotece Rzadkich Ksiąg i Rękopisów im. Beinecke’ów.

Hipotezy dotyczące autorstwa Wiele osób było branych pod uwagę przy ustalaniu autora manuskryptu Wojnicza. thumb|upright=.9|Roger Bacon thumb|upright=.9|John Dee thumb|upright=.9|Edward Kelley