Fellay oraz władze FSSPX skrytykowały adhortację apostolską Amoris laetitia, a sam biskup Fellay w lipcu 2017 złożył swój podpis pod listem do papieża, gdzie różni teologowie i świeccy wyrażali zaniepokojenie obecnym kursem nauczania Kościoła i opowiadali się za powrotem do tradycyjnego nauczania, sam bp Fellay skrytykował papieża za głoszenie herezji oraz zdań dwuznacznych. Od 24 maja 2017 wszyscy biskupi FSSPX zostali upoważnieni przez Watykan do wyświęcania kleryków na księży bez zgody biskupów miejsca.
11 lipca 2018, podczas czwartej kapituły generalnej Bractwa, bp Fellay zakończył swoją drugą kadencję na stanowisku Przełożonego Generalnego Bractwa. Jego następcą wybrany został ks. Davide Pagliarani, sam zaś bp Fellay został wybrany przez kapitułę na dodatkowego członka do Rady Generalnej razem z ks. Franciszkiem Schmindbergiem.
1 lipca 2026 bez zgody Stolicy Apostolskiej współkonsekrował (głównym konsekratorem był bp Alfonso de Galarreta) 4 kapłanów należących do FSSPX.
Prócz ojczystego języka (niemieckiego) biegle włada językiem