Pisał również wiersze miłosne i erotyki, których muzą i adresatką była żona Barbara.
W okresie okupacji niemieckiej wydał 4 tomiki poezji: Zamknięty echem (lato 1940), Dwie miłości (jesień 1940), Wiersze wybrane (maj 1942), Arkusz poetycki Nr 1 (1944) i składkę Śpiew z pożogi (1944) oraz wiele utworów w prasie konspiracyjnej. Jego wiersze pojawiły się także w antologiach poezji wydawanych konspiracyjnie: w Pieśni niepodległej (1942) i Słowie prawdziwym (1942). Baczyński był uznany za jednego z najwybitniejszych poetów czasów okupacji. Jerzy Andrzejewski, jego przyjaciel, zadedykował mu tom opowiadań Noc. Na wieść o wstąpieniu Baczyńskiego do oddziału dywersyjnego Stanisław Pigoń powiedział Kazimierzowi Wyce: „Cóż, należymy do narodu, którego losem jest strzelać do wroga z brylantów”, a Jerzy Zagórski wspomnienie o nim zatytułował Śmierć Słowackiego (1947). Tadeusz Gajcy twórczość Baczyńskiego określił mianem „poezji dostojnej”. Od 1940 Krzysztof przyjaźnił się z poetą Jerzym Kamilem Weintraubem; dedykował mu wiersz Jesienny spacer poetów.