Z drugiej strony nowa władza otworzyła jednak przed licznymi Żydami, zwłaszcza młodszymi wiekiem, niedostępne dotąd ścieżki awansu społecznego, w tym możliwości kariery w strukturach administracji i służb bezpieczeństwa. Ten stan rzeczy wywołał szok i rozgoryczenie Litwinów, tym bardziej że towarzyszyła mu utrata przez nich statusu narodu dominującego. Konsekwencją był gwałtowny wzrost nastrojów antysemickich.
Po rozpoczęciu sowieckiej okupacji za granicę zbiegli liczni działacze polityczni i wojskowi. Stali się oni głównym zapleczem Litewskiego Frontu Aktywistów (Lietuvių aktyvistų frontas – LAF), utworzonego w Berlinie w listopadzie 1940 roku. Front stawiał sobie za cel odbudowę litewskiej państwowości w oparciu o nazistowskie Niemcy. Licząc na rychły wybuch konfliktu niemiecko-sowieckiego, jego przywódcy przystąpili do tworzenia podziemnych struktur na terenie okupowanego kraju. W momencie wybuchu wojny miały one dokonać zbrojnego wystąpienia przeciw Sowietom. LAF, a w szczególności jego skrajnie nacjonalistyczny odłam wywodzący się z przedwojennej organizacji „Żelazny Wilk” (lit. Geležinis Vilkas), za swojego wroga uznawał jednak nie tylko ZSRR, lecz również Żydów, których zgodnie ze stereotypem „żydokomuny” utożsamiano w całości z systemem sowieckim i stosowaną przezeń polityką terroru.