W czasie II wojny światowej linia używana była do celów wojskowych. Istniejący na terenie gierłoskiego lasu przystanek kolejowy Gierłoż przebudowano na potrzeby Wilczego Szańca poprzez dobudowanie drugiego toru przelotowego, bocznicy odstawczej oraz zbrojonych zabudowań dworcowych. W czasie funkcjonowania kwatery z linii tej korzystały pociągi: specjalne na trasie Berlin – Wilczy Szaniec – OKH „Anna” w Mamerkach – w zależności od potrzeb; specjalne salonki przewożące dostojników własnych i z innych państw, w tym pociąg specjalny Hitlera „Ameryka” (niem. Führersonderzug Amerika); pociąg motorowy składający się z dwóch wagonów odpowiednio drugiej i trzeciej klasy, kursujący pomiędzy Wilczym Szańcem a kwaterą OKH (skład zatrzymywał się też na przystanku kwatery Lammersa w Radziejach); pociągi towarowe dowożące z Rastenburga robotników Organizacji Todt i materiały budowlane.
Na nowo wybudowanej bocznicy w Kamionku Wielkim stacjonował pociąg specjalny Ribbentropa Westfalen. W tym czasie Ribbentrop miał swoją siedzibę w pobliskim pałacu Lehndorffów w Sztynorcie.
W okresie od 1941 do początku 1945 r. na linii nie kursowały normalne pociągi pasażerskie, tylko funkcjonowała komunikacja autobusowa.