Wywalczył też mistrzostwo Chorwacji z Dinamem.
Latem 2007 da Silva podpisał kontrakt z Arsenalem, w którym miał zastąpić w ataku Thierry'ego Henry.
W 2002 roku został powołany do młodzieżowej reprezentacji Chorwacji. W listopadzie 2004 meczem z Irlandią (3:0) zadebiutował w drużynie narodowej seniorów. Pierwszą bramkę zdobył w lutym 2006 podczas Pucharu Carlsberga w Hongkongu w meczu z tamtejszą reprezentacją (7:1). Był jednym z kandydatów z linii ataku do kadry na mistrzostwa świata w Niemczech, jednak selekcjoner Zlatko Kranjčar nie skorzystał z jego usług tłumacząc, że jest jeszcze "za młodym piłkarzem". Natomiast nowy selekcjoner Slaven Bilić widział w da Silvie podstawowego zawodnika reprezentacji i powołał go na swój debiutancki mecz, który został rozegrany 16 czerwca 2006 roku, a Chorwacja wygrała 2:0 z reprezentacją Włoch. Da Silva spisał się dobrze i zdobył jedną z bramek. Natomiast w wyjazdowym meczu eliminacyjnym do Euro 2008 z reprezentacją Izraela, wygranym 4:3, zdobył dla Chorwatów aż 3 bramki. 2 lipca 2007 roku Eduardo da Silva został zakupiony na 4 sezony do angielskiego klubu Arsenal F.C.