Dnia 23 lutego 2008 roku Eduardo da Silva w 3 minucie spotkania Arsenalu z Birmingham City został brutalnie sfaulowany przez Martina Taylora. Jak wykazały badania piłkarz doznał otwartego złamania stawu skokowego i zerwania w nim wszystkich więzadeł. Stopa piłkarza wygięta została w nienaturalnym kierunku pod kątem 90 stopniTragedia Eduardo, Piotr Sucharzewski, Dziennik Elbląski – Gazeta Sportowa, 25.02.2008, zostały w niej zerwane naczynia krwionośne. Boisko opuścił po 8 minutach z założoną maską tlenową. Stwierdzono jednak, że złamanie nie jest tak poważne, jak wyglądało to na początku i piłkarz wróci na boisko być może po 9 miesiącach rekonwalescencji. Po 10 miesiącach ciężkiej rehabilitacji Eduardo wrócił na boisko w meczu rezerw 16 grudnia 2008 roku przeciwko drużynie Portsmouth.
Dnia 16 lutego 2009, Eduardo wrócił do drużyny Arsenalu strzelając 2 bramki w meczu FA Cup przeciwko Cardiff City.