O wyborze Ferrary zadecydowała dostępność miasta zarówno dla papieża, jak i dla delegacji prawosławnej oraz gotowość, również finansowa, goszczenia delegatów przez markiza Mikołaja III d’Este. Do wybrania na miejsce obrad Ferrary skłoniło również papieża, kwitnące wówczas w Ferrarze studium języka greckiego, co dawało większe gwarancje porozumienia się z greckimi gośćmi soboru.
Obrady otwarto 8 stycznia 1438 roku w katedrze świętego Jerzego. Przewodniczył im delegat papieski, kardynał Mikołaj Albergati. W początkowej fazie w soborze brało udział 5 kardynałów i 20 biskupów z Włoch, Francji i Hiszpanii. Na uroczystej sesji w dniu 10 stycznia ogłoszono nieważność wszystkich orzeczeń soboru bazylejskiego z wyjątkiem dekretu dotyczącego husytów. 4 lutego przybyło do Wenecji 20 biskupów prawosławnych wraz z patriarchą Konstantynopola Józefem II i cesarzem Janem VIII Paleologiem i liczącą 700 osób delegacją. Według źródeł greckich cesarz wahał się czy przyjąć zaproszenie papieża do Ferrary, czy zaproszenie biskupów zgromadzonych w Bazylei. 15 lutego odbyła się trzecia sesja soboru pod przewodnictwem papieża Eugeniusza IV. Uchwaliła ona kary kościelne na uczestników obrad w Bazylei oraz zasady prowadzenia obrad w Ferrarze.