Na pierwszej sesji unijnej w dniu 9 kwietnia ustalono powszechny charakter soboru oraz zasady uzgadniania kwestii spornych przez komisję mieszaną liczącą po dziesięciu przedstawicieli każdej ze stron. Na czele reprezentacji prawosławnej stanęli biskup Efezu Marek Eugenik i arcybiskup Nicei Bessarion, po stronie katolickiej główną rolę odegrali: kard. G. Cesarini, prawnik Andrzej da Santa Croce i teolog J. de Torquemada.
Komisja uzgodniła program dyskusji dopiero na swoim trzecim posiedzeniu. Zgodnie z życzeniem delegacji wschodniej rozpoczęto ją od kwestii czyśćca i stanu szczęśliwości zbawionych przed powszechnym zmartwychwstaniem. 17 lipca przyjęto wspólne stanowisko dogmatyczne. 9 października rozpoczęto dyskusję nad kwestią pochodzenia Ducha Świętego. Naciski ze strony papieża i cesarza, dążących do szybkiego zawarcia unii, nie wpłynęły na przyspieszenie obrad. Tymczasem wyczerpywały się zasoby pieniężne jakie papież i Mikołaj III d’Este przeznaczyli na podejmowanie uczestników soboru. W tej sytuacji Eugeniusz IV przyjął korzystną propozycję Kosmy Medyceusza przeniesienia obrad do Florencji.