Po 1940 nastąpiło gwałtowne zmniejszenie się liczebności arabskich mieszkańców. Wynikało to z faktu sprzedaży gruntów rolnych żydowskim organizacjom syjonistycznym. W ten sposób, w 1945 w Atlit żyło 660 mieszkańców, w tym 510 Żydów. Przyjęta 29 listopada 1947 Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181 przyznała te tereny państwu żydowskiemu. Na samym początku I wojny izraelsko-arabskiej w dniu 15 maja 1948 arabską wieś Atlit zajęli żydowscy żołnierze Hagany. Wysiedlono wówczas jej mieszkańców, a wszystkie domy wyburzono.
W latach 1956 i 1967 w dawnym brytyjskim obozie jenieckim w Atlit przetrzymywano egipskich jeńców wojennych. W latach 1950–2003 Atlit posiadała statut samorządu lokalnego, który utraciła ze względu na liczne trudności w zarządzaniu budżetem. Zmiana statusu była punktem zwrotnym w rozwoju Atlit.