W sezonie 1989/1990 Boklöv osiągał słabsze wyniki, ostatni raz na podium stanął 9 grudnia 1989 w Lake Placid, gdzie był trzeci. W 1990 zajął 27. miejsce na mistrzostwach świata w lotach w Vikersund. W klasyfikacji generalnej tego sezonu zajął ostatecznie 14. miejsce. Od sezonu 1990/1991 inni zawodnicy zaczęli odnosić zwycięstwa skacząc nowym stylem. Boklöv wziął także udział w igrzyskach olimpijskich w Albertville, gdzie zajął 47. miejsce na normalnej skoczni, a w konkursie drużynowym był dziewiąty. Ostatnią dużą imprezą w jego karierze były mistrzostwa świata w lotach w Harrachovie w 1992, gdzie zajął 28. miejsce. Wystąpił także w czterech konkursach sezonu 1992/1993, jednak w żadnym nie zdobył punktów. Ostatni oficjalny występ zaliczył 31 stycznia 1993 na skoczni Kulm w Tauplitz.
Na arenie krajowej Jan Boklöv był między innymi ośmiokrotnym mistrzem Szwecji: w 1985, 1986, 1987 i 1989 na normalnej skoczni, a w latach 1986, 1988, 1989 i 1990 na dużej.