w 1934 cała rodzina przeprowadziła się do Radomia, co było związane z awansem Jakuba Wajdy na stopień kapitana. Rodzice zapisali go do Publicznej Szkoły Podstawowej nr 15 im. Mikołaja Reja. W 1938 został harcerzem w 20. Radomskiej Drużynie Harcerskiej, gdzie uzyskał rangę zastępowego.
Andrzej Wajda z ojcem rozstał się pod koniec sierpnia 1939, gdy ten wraz z 72 Pułkiem Piechoty opuścił Radom i wziął udział w przygotowaniach do obrony Polski przed niemiecką agresją. Gdy 8 września 1939, tydzień po wybuchu II wojny światowej, Niemcy wkroczyli do miasta, znalazło się ono w granicach Generalnego Gubernatorstwa. Z polityki okupantów wynikał określony przepisami zakaz pobierania przez Polaków nauki w szkole średniej; toteż zamiast podjąć naukę w gimnazjum, Andrzej Wajda zdecydował się na pójście do siódmej klasy szkoły powszechnej. Ukończył ją w czerwcu 1940. Tymczasem jego ojciec, po trafieniu do niewoli radzieckiej w kwietniu 1940, padł ofiarą zbrodni katyńskiej, o czym jego rodzina początkowo nie wiedziała.