Ostatecznie Andrzej Wajda rozpoczął dalszą naukę w gimnazjum na tajnych kompletach. Przerwał jednak ją już po pierwszym roku z powodów finansowych; w celu utrzymania rodziny wraz z bratem Leszkiem podejmował pracę zarobkową w Landwirtschaft Zentrale, gdzie pełnił funkcję magazyniera, a następnie tragarza i pomocnika bednarza. Mimo ciężkiej sytuacji życiowej zainteresował się malarstwem, uczestnicząc w pracach konserwacyjnych i okresowo pobierając nauki w szkole malarskiej w Krakowie. W połowie 1942 wstąpił do Armii Krajowej, gdzie pełnił funkcję łącznika na terenie Radomia. Wczesną jesienią 1943 dowiedział się jednak, że osoby z podziemia, które znał, padły ofiarą zasadzki zastawionej przez radomskie Gestapo. Ukrywał się następnie w Krakowie aż do późnej wiosny 1944, gdy okazało się, że owi żołnierze zostali zamordowani. Wówczas powrócił do Radomia, gdzie zapisał się do Koedukacyjnego Gimnazjum i Liceum dla Dorosłych „Przyszłość”.