W 1946 rozpoczął studia malarskie na Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Jeszcze przed złożeniem dokumentów zamierzał odwiedzić swojego byłego nauczyciela Wiktora Langnera. Kilka dni przed wizytą Wiktor Langner został jednak aresztowany; Andrzeja Wajdę zatrzymano w Krakowie, skąd trafił do komendy wojewódzkiej Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. Wydostał się z niej dzięki koneksjom swojego stryja Gustawa, dzięki czemu mógł rozpocząć studia. Miał już za sobą kilka prac malarskich, między innymi Przedmieście Krakowa (1943). Podczas studiów na ASP dołączył do Grupy Młodych Plastyków, inspirowanej nurtami prymitywizmu, surrealizmu i abstrakcjonizmu. Tam stworzył takie obrazy jak Mózg hydraulika (1947, druga wersja 1950), Las w górach, Wschodnie miasto i Rajski ptak (1948). Jesienią 1948 dołączył do Grupy Samokształceniowej prowadzonej przez Andrzeja Wróblewskiego. W lipcu 1949 Andrzej Wajda zrezygnował jednak ze studiów na akademii, wraz z Konradem Nałęckim podejmując studia z zakresu reżyserii w Wyższej Szkole Filmowej w Łodzi. Studia ukończył w 1953, ale dyplom otrzymał dopiero w 1960;