W więzieniu urodziła się jego córka Ewa. Syn Lucjana Minkiewicza został osadzony w domu dziecka.
Po brutalnym śledztwie 2 listopada 1950 w procesie grupowym Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał go na ośmiokrotną karę śmierci pod zarzutem dokonania "gwałtownych zamachów" na funkcjonariuszy sowieckiego i polskiego aparatu bezpieczeństwa, prowadzenia działalności wywiadowczej na rzecz obcego państwa oraz współpracy z Niemcami w okresie okupacji. 29 grudnia 1950 Najwyższy Sąd Wojskowy odrzucił skargę rewizyjną. 5 lutego prezydent Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski. 8 lutego 1951 o godz. 19:55 Lucjan Minkiewicz został zastrzelony przez st. sierż. Aleksandra Dreja w piwnicach więzienia mokotowskiego w Warszawie. W czasie egzekucji zginęli również współskazani na śmierć: o godz. 19:45 Henryk Borowski, o godz. 20:05 Antoni Olechnowicz i o godz. 20:15 Zygmunt Szendzielarz.
9 listopada 2007 został pośmiertnie odznaczony przez prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia PolskiMonitor Polski, nr 15 z 2008 r., poz. 5..
Szczątki Lucjana Minkiewicza zostały odnalezione przez zespół prof. Krzysztofa Szwagrzyka (IPN) w 2013 w kwaterze Ł Cmentarza Wojskowego na Powązkach w Warszawie.